Pusat Pengembangan Bahasa merupakan salah satu lembaga struktural yang telah berdiri pada tanggal 2 Mei 1997 berdasarkan SK Rektor Nomor 82/Ba.0/A 1997 tentang pembentukan Pusat Pengembangan Bahasa UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.  Keberadaan Pusat Pengembangan Bahasa UIN Sunan Kalijaga memiliki peran yang sangat strategis dan penting dalam pengembangan dan peningkatan keterampilan berbahasa Arab dan bahasa Inggris bagi civitas akademika (mahasiswa, dosen, dan tenaga kependidikan) UIN Sunan Kalijaga dan masyarakat luas. Bahasa Arab menjadi alat dan dasar untuk memahami kitab-kitab dalam kajian ke-Islaman dan bahasa internasional umat Islam, sedangkan bahasa Inggris merupakan bahasa keilmuan dan bahasa komunikasi masyarakat internasional secara umum.

Pada awal pembentukannya, Pusat Pengembangan Bahasa UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta memiliki tugas dan fungsi sebagai berikut: Pertama, melaksanakan pelatihan bahasa asing guna memudahkan para tenaga edukatif mahasiswa dalam mempelajari buku-buku literatur bahasa asing. Kedua, membantu meningkatkan penggunaan bahasa asing guna mengikuti pendidikan lanjutan bagi tenaga edukatif dan mahasiswa ke luar negeri. Ketiga, membantu penguasaan bahasa asing bagi masyarakat.

Sejak Tahun akademik 2008/2009 ditetapkan kebijakan sentralisasi pembelajaran bahasa Arab dan Inggris bagi mahasiswa baru di Pusat Pengembangan Bahasa, yang pada waktu itu namanya sudah diganti menjadi Pusat Bahasa, Budaya dan Agama. Kebijakan ini diambil untuk meningkatkan efektivitas pembelajaran bahasa dan penyeragaman kurikulum serta efisiensi pengelolaan sumberdaya. Program ini berbentuk pelatihan dan pembelajaran intensif selama dua semester bagi mahasiswa semester I dan II yang dimulai dari tahun akademik 2008/2009 hingga tahun akademik 2009/2010. Bahasa yang menjadi fokus pada program pembelajaran ini adalah bahasa Arab dan bahasa Inggris. Peserta program ini terdiri dari mahasiswa baru untuk seluruh fakultas di lingkungan UIN sunan Kalijaga, kecuali mahasiswa Program Khusus Studi Ilmu Perpustakaan Fakultas Adab yang tidak mengikuti program ini. Program Sentralisasi Pembelajaran Bahasa ini diselenggarakan dengan tujuan sebagai berikut: Pertama, meningkatkan kemampuan berbahasa Arab dan Inggris bagi mahasiswa. Kedua, memfasilitasi pembelajaran bahasa secara terpadu. Ketiga, menumbuhkembangkan budaya berbahasa asing. Keempat, menjembatani pencapaian sasaran mutu UIN Sunan Kalijaga. Kelima, mengembangkan model pembelajaran bahasa asing yang efektif. Keenam, membina dan mengembangkan kepribadian mahasiswa melalui media bahasa.

Kemudian, pada tahun 2015, Pusat Bahasa, Budaya, dan Agama berubah namanya menjadi Pusat Pengembangan Bahasa, dan melalui SK Rektor No. UIN.02/R/PP.00.9/2015, tanggal 15 Januari 2015, tugas Pusat Pengembangan Bahasa difokuskan pada penyelenggaraan program pelatihan pencapaian standar niliai TOEC dan IKLA bagi mahasiswa baru semester 1 dan 2. Selain itu Pusat pengembangan Bahasa juga diberi tugas untuk menyelenggarakan pelatihan pengembangan bahasa Inggris dan Arab bagi para dosen, pegawai, dan masyarakat umum.

Pelaksanaan program pelatihan pencapaian standar nilai TOEC dan IKLA ini didasarkan pada salah satu sasaran mutu UIN Sunan Kalijaga yang telah ditetapkan yaitu bahwa mahasiswa harus memperoleh skor TOEC 400 dan skor IKLA 400 ketika hendak mengikuti ujian munaqosah.